Pada tingkat fakultas kelembagaan sistem penjaminan dibentuk Gugus Penjamin Mutu (GPM) sebagai bagian dari penjaminan mutu internal dan ditetapkan dengan SK Rektor. GPM ini memiliki fungsi membantu dekan dalam pengembangan system mutu di level fakultas termasuk mutu pengelolaan PS Magister yang ada di lingkungan FMIPA UNEJ. Adapun tugas dan fungsi dari GPM adalah:
(1) Merencanakan Sistem Manajemen Mutu (SMM).
(2) Membuat perangkat kerja pelaksanaan SMM.
(3) Memberi asistensi penyusunan dokumen mutu.
(4) Mensosialisasikan, monev, mengkaji ulang pelaksanaan SMM.
(5) Melaporkan hasil monev ke BPM.
(6) Mempersiapkan penyusunan usulan, pelaksanaan, monev PHK.
(7) Memberi asistensi penyusunan laporan evaluasi diriprodi.
(8) Memberi asistensi penyusunan boring akreditasi.
(9) Mereview dokumen usulan akreditasi: memberi asisten pengusulan pembukaan prodi baru.
(10) Mereview dokumen usulan pembukaan prodi baru.