Pada tingkat fakultas kelembagaan sistem penjaminan dibentuk Gugus Penjamin Mutu (GPM) sebagai bagian dari penjaminan mutu internal dan ditetapkan dengan SK Rektor. GPM ini memiliki fungsi membantu dekan dalam pengembangan system mutu di level fakultas termasuk mutu pengelolaan PS Magister yang ada di lingkungan FMIPA UNEJ. Adapun tugas dan fungsi dari GPM adalah:
(1) Merencanakan Sistem Manajemen Mutu (SMM).
(2) Membuat perangkat kerja pelaksanaan SMM.
(3) Memberi asistensi penyusunan dokumen mutu.
(4) Mensosialisasikan, monev, mengkaji ulang pelaksanaan SMM.
(5) Melaporkan hasil monev ke BPM.
(6) Mempersiapkan penyusunan usulan, pelaksanaan, monev PHK.
(7) Memberi asistensi penyusunan laporan evaluasi diriprodi.
(8) Memberi asistensi penyusunan boring akreditasi.
(9) Mereview dokumen usulan akreditasi: memberi asisten pengusulan pembukaan prodi baru.
(10) Mereview dokumen usulan pembukaan prodi baru.

Tinjauan Manajemen

Dalam penyelenggaraan akademik (Tridarma) FMIPA berkomitmen untuk selalu berorientasi pada mutu dengan semboyan quality first, baik aspek input, proses, maupun output. Mengingat FMIPA merupakan subsistem dari UNEJ, maka upaya penjaminan mutu di FMIPA tidak dapat dipisahkan dari sistem penjaminan mutu di tingkat universitas. Sebelum terbentuknya BPM dan GPM, UNEJ bersama-sama dengan unit kerja didalamnya sudah berupaya untuk meningkatkan mutu penyelenggaraan tridarma, yang antara lain diwujudkan dalam kegiatan peningkatkan kuantitas dan kualitas mahasiswa baru, kualitas proses pembelajaran, daya saing lulusan, kuantitas dan kualitas penelitian dan pengabdian. Setelah terbentuknya BPM dan GPM, UNEJ beserta unit kerja didalamnya berkomitmen untuk menjamin konsistensi upaya peningkatan mutu melalui penerapan siklus manajemen PDCA (Plan-Do-Check-Act), sehingga diharapkan terjadi continuous quality improvement. Universitas telah menugaskan BPM untuk mengembangkan SMM yang standarnya mengacu pada standar SMM ISO 9001:2000 yang kemudian disempurnakan dengan standar ISO 9001:2008. Dokumen SMM berbasis terdiri atas 4 jenis dokumen yakni pedoman mutu, prosedur kerja, instruksi kerja, dan dokumen pendukung. Jenis dokumen SMM yang disediakan oleh universitas adalah pedoman mutu. Dokumen ini selanjutnya dijadikan acuan untuk pembuatan pedoman mutu tingkat unit kerja, termasuk FMIPA. Pedoman mutu FMIPA sudah dilengkapi dengan prosedur kerja, instruksi kerja, dan form-form terkait. Hasilnya pada 9 November 2010 FMIPA mendapatkan Sertifikat ISO 9001:2008 bidang Layanan Administrasi Akademik.

Selain itu, UNEJ juga menugaskan BPM untuk melaksanakan monev internal secara periodik terhadap implementasi program hibah kompetisi (PHK), termasuk PHK A2 yang dilaksanakan oleh jurusan di lingkungan FMIPA yakni Jurusan Matematika, Biologi, dan Kimia. Disamping monev internal PHK, BPM juga telah melaksanakan audit pembelajaran terhadap PBM di lingkungan UNEJ, termasuk PBM di FMIPA. FMIPA berperan aktif dalam mendukung pelaksanaan monev/audit internal, khususnya dalam menyediakan SDM sebagai auditor. Universitas juga menugaskan BPM untuk mendampingi PS dalam menyiapkan dokumen akreditasi, baik dalam bentuk review dokumen maupun asistensi. Selain itu, universitas setiap tahun selalu membuat pedoman akademik sebagai pedoman bagi seluruh unit kerja dalam penyelenggaraan tridarma. Beberapa kegiatan/pedoman yang diuraikan tersebut adalah contoh beberapa upaya penjaminan mutu penyelenggaraan tridarma pada tingkat universitas.

Aspek Input

Rekrutmen mahasiswa dan dosen berbasiskan pada sistem yang telah ditetapkan oleh Institusi. Jelasnya, pelaksanaan rekrutmen mahasiswa dan dosen secara transparan mengikuti sistem yang diterapkan universitas. Universitas menerapkan beberapa jalur rekrutmen mahasiswa yakni Undangan, PMDK, SNMPTN, SLPMB/UM (seleksi lokal penerimaan mahasiswa baru/ujian masuk), dan alih program. Kecuali jalur SNMPTN, proses seleksi rekrutmen mahasiswa baru dilaksanakan oleh UNEJ sendiri. Dalam hal ini, proses seleksi sudah terkomputerisasi. Fakultas, termasuk FMIPA, akan menerima sort list calon mahasiswa baru berdasarkan rangking. FMIPA selalu memilih mahasiswa dengan rangking terbaik sesuai dengan kebutuhan (daya tampung). Si lain pihak, sistem rekrutmen untuk dosen mengikuti sistem yang dirancang oleh Kemendikbud. Fakultas dan jurusan dilibatkan untuk tes interview, tes substantif, dan praktek mengajar. Dalam hal ini FMIPA dan jurusan menjauhkan diri dari conflict of interest, misal akan memberikan skor tinggi pada alumni. Dengan demikian dosen baru yang diterima bisa alumni dari perguruan tinggi mana saja, asalkan memang mereka adalah yang terbaik.

Kurikulum yang merupakan rancangan kompetensi yang harus dikuasai mahasiswa disusun secara dinamis dengan memperhatikan dinamika sains dan kebutuhan stakeholders. Terkait penyusunan kurikulum, secara garis besar Fakultas berperan dalam memberikan fasilitas, mengkoordinir dan mengarahkanjurusan, serta merumuskan dan menetapkan substansi keperluan materi mata kuliah bidang MIPA bersama Jurusan. Dalam proses, FMIPA berusaha mengimplementasikan kurikulum dengan baik melalui penyediaan kebutuhan daya dukung implementasi kurikulum, baik berupa SDM, sarana, maupun dana. Guna meningkatkan daya saing lulusan, UNEJ merumuskan soft skills yang mencakup aspek kreativitas, kerjasama dan komunikasi, dan etika. Strategi FMIPA dalam pengembangan soft skills tersebut diintegrasikan melalui perkuliahan. Aspek soft skills yang dikembangkan pada setiap matakuliah disesuaikan dengan karakteristik matakuliah.

Aspek Proses

Proses penyelenggaraan tridarma dapat dikategorikan kedalam fase perencanaan, pelaksanaan, dan evaluasi. FMIPA telah berusaha untuk menjamin mutu dari ketiga fase tersebut. Pada fase perencanaan, semua matakuliah harus dilengkapi dengan “disain instruksional”. Spesifikasi soft skills yang harus dikembangkan juga sudah dapat terlihat dengan jelas dalam disain instruksional. Pada fase pelaksanaan, jumlah minimal perkuliahan (sama dengan jumlah kehadiran dosen) dan jumlah minimal kehadiran mahasiswa dalam perkuliahan diatur dalam pedoman akademik. Pada akhir semester, FMIPA mengevaluasi jumlah kehadiran dosen dan mahasiswa; (i) jika kehadiran dosen kurang dari standar minimal, maka matakuliah tersebut tidak boleh diujikan, dan (ii) jika kehadiran mahasiswa kurang dari standar minimal, maka mahasiswa tersebut tidak diperkenankan mengikuti ujian akhir semester. Semua dosen FMIPA diharuskan mengisi jurnal kuliah agar pimpinan jurusan dapat memantau sejauh mana materi yang sudah dirancang dalam disain instruksional dapat direalisasikan. Kualitas pembelajaran di FMIPA diaudit oleh BPM (minimal 2 kali dalam satu tahun). Sampel matakuliah yang akan diaudit pada periode audit pembelajaran ditetapkan oleh BPM, sedangkan GPM mendampingi auditor sekaligus sebagai proses pembelajaran agar nantinya mampu melaksanakan audit pembelajaran sendiri.

Mahasiswa FMIPA juga dilibatkan dalam mengevaluasi kinerja pembelajaran yang dikenal dengan indeks kinerja dosen (IKAD). Awalnya penilaian IKAD oleh mahasiswa dilakukan secara konvensional. Pendekatan ini terkendala analisis data. Sehubungan dengan hal tersebut FMIPA mengembangkan IKAD on line, yang mulai diujicobakan pada semester genap 2008/2009. Meskipun FMIPA belum secara resmi menerapkan SMM berbasis ISO, namun kegiatan tridarma sudah dilengkapi dengan prosedur kerja, instruksi kerja, dan form-form terkait. Bahkan prosedur kerja proses penyelesaian tugas akhir sudah didukung dengan sistem informasi on line yang dikenal dengan Sistem Informasi Tugas Akhir (SITA) baik untuk PS Sarjana maupun PS Magister. Sistem ini mampu mengontrol antara lain posisi waktu pendaftaran judul dan selesainya skripsi, daftar pembimbing dan penguji, pendaftaran seminar, ujian hasil penelitian dan ujian skripsi, kelayakan proses pembimbingan bab demi bab, dan bukti verifikasi dosen pembimbimg atas kesiapan pelaksanaan ujian hasil ataupun ujian skripsi mahasiswa.