Dalam penyelenggaraan akademik (Tridarma) FMIPA berkomitmen untuk selalu berorientasi pada mutu dengan semboyan quality first, baik aspek input, proses, maupun output. Mengingat FMIPA merupakan subsistem dari UNEJ, maka upaya penjaminan mutu di FMIPA tidak dapat dipisahkan dari sistem penjaminan mutu di tingkat universitas. Sebelum terbentuknya BPM dan GPM, UNEJ bersama-sama dengan unit kerja didalamnya sudah berupaya untuk meningkatkan mutu penyelenggaraan tridarma, yang antara lain diwujudkan dalam kegiatan peningkatkan kuantitas dan kualitas mahasiswa baru, kualitas proses pembelajaran, daya saing lulusan, kuantitas dan kualitas penelitian dan pengabdian. Setelah terbentuknya BPM dan GPM, UNEJ beserta unit kerja didalamnya berkomitmen untuk menjamin konsistensi upaya peningkatan mutu melalui penerapan siklus manajemen PDCA (Plan-Do-Check-Act), sehingga diharapkan terjadi continuous quality improvement. Universitas telah menugaskan BPM untuk mengembangkan SMM yang standarnya mengacu pada standar SMM ISO 9001:2000 yang kemudian disempurnakan dengan standar ISO 9001:2008. Dokumen SMM berbasis terdiri atas 4 jenis dokumen yakni pedoman mutu, prosedur kerja, instruksi kerja, dan dokumen pendukung. Jenis dokumen SMM yang disediakan oleh universitas adalah pedoman mutu. Dokumen ini selanjutnya dijadikan acuan untuk pembuatan pedoman mutu tingkat unit kerja, termasuk FMIPA. Pedoman mutu FMIPA sudah dilengkapi dengan prosedur kerja, instruksi kerja, dan form-form terkait. Hasilnya pada 9 November 2010 FMIPA mendapatkan Sertifikat ISO 9001:2008 bidang Layanan Administrasi Akademik.

Selain itu, UNEJ juga menugaskan BPM untuk melaksanakan monev internal secara periodik terhadap implementasi program hibah kompetisi (PHK), termasuk PHK A2 yang dilaksanakan oleh jurusan di lingkungan FMIPA yakni Jurusan Matematika, Biologi, dan Kimia. Disamping monev internal PHK, BPM juga telah melaksanakan audit pembelajaran terhadap PBM di lingkungan UNEJ, termasuk PBM di FMIPA. FMIPA berperan aktif dalam mendukung pelaksanaan monev/audit internal, khususnya dalam menyediakan SDM sebagai auditor. Universitas juga menugaskan BPM untuk mendampingi PS dalam menyiapkan dokumen akreditasi, baik dalam bentuk review dokumen maupun asistensi. Selain itu, universitas setiap tahun selalu membuat pedoman akademik sebagai pedoman bagi seluruh unit kerja dalam penyelenggaraan tridarma. Beberapa kegiatan/pedoman yang diuraikan tersebut adalah contoh beberapa upaya penjaminan mutu penyelenggaraan tridarma pada tingkat universitas.