Proses penyelenggaraan tridarma dapat dikategorikan kedalam fase perencanaan, pelaksanaan, dan evaluasi. FMIPA telah berusaha untuk menjamin mutu dari ketiga fase tersebut. Pada fase perencanaan, semua matakuliah harus dilengkapi dengan “disain instruksional”. Spesifikasi soft skills yang harus dikembangkan juga sudah dapat terlihat dengan jelas dalam disain instruksional. Pada fase pelaksanaan, jumlah minimal perkuliahan (sama dengan jumlah kehadiran dosen) dan jumlah minimal kehadiran mahasiswa dalam perkuliahan diatur dalam pedoman akademik. Pada akhir semester, FMIPA mengevaluasi jumlah kehadiran dosen dan mahasiswa; (i) jika kehadiran dosen kurang dari standar minimal, maka matakuliah tersebut tidak boleh diujikan, dan (ii) jika kehadiran mahasiswa kurang dari standar minimal, maka mahasiswa tersebut tidak diperkenankan mengikuti ujian akhir semester. Semua dosen FMIPA diharuskan mengisi jurnal kuliah agar pimpinan jurusan dapat memantau sejauh mana materi yang sudah dirancang dalam disain instruksional dapat direalisasikan. Kualitas pembelajaran di FMIPA diaudit oleh BPM (minimal 2 kali dalam satu tahun). Sampel matakuliah yang akan diaudit pada periode audit pembelajaran ditetapkan oleh BPM, sedangkan GPM mendampingi auditor sekaligus sebagai proses pembelajaran agar nantinya mampu melaksanakan audit pembelajaran sendiri.

Mahasiswa FMIPA juga dilibatkan dalam mengevaluasi kinerja pembelajaran yang dikenal dengan indeks kinerja dosen (IKAD). Awalnya penilaian IKAD oleh mahasiswa dilakukan secara konvensional. Pendekatan ini terkendala analisis data. Sehubungan dengan hal tersebut FMIPA mengembangkan IKAD on line, yang mulai diujicobakan pada semester genap 2008/2009. Meskipun FMIPA belum secara resmi menerapkan SMM berbasis ISO, namun kegiatan tridarma sudah dilengkapi dengan prosedur kerja, instruksi kerja, dan form-form terkait. Bahkan prosedur kerja proses penyelesaian tugas akhir sudah didukung dengan sistem informasi on line yang dikenal dengan Sistem Informasi Tugas Akhir (SITA) baik untuk PS Sarjana maupun PS Magister. Sistem ini mampu mengontrol antara lain posisi waktu pendaftaran judul dan selesainya skripsi, daftar pembimbing dan penguji, pendaftaran seminar, ujian hasil penelitian dan ujian skripsi, kelayakan proses pembimbingan bab demi bab, dan bukti verifikasi dosen pembimbimg atas kesiapan pelaksanaan ujian hasil ataupun ujian skripsi mahasiswa.