Rekrutmen mahasiswa dan dosen berbasiskan pada sistem yang telah ditetapkan oleh Institusi. Jelasnya, pelaksanaan rekrutmen mahasiswa dan dosen secara transparan mengikuti sistem yang diterapkan universitas. Universitas menerapkan beberapa jalur rekrutmen mahasiswa yakni Undangan, PMDK, SNMPTN, SLPMB/UM (seleksi lokal penerimaan mahasiswa baru/ujian masuk), dan alih program. Kecuali jalur SNMPTN, proses seleksi rekrutmen mahasiswa baru dilaksanakan oleh UNEJ sendiri. Dalam hal ini, proses seleksi sudah terkomputerisasi. Fakultas, termasuk FMIPA, akan menerima sort list calon mahasiswa baru berdasarkan rangking. FMIPA selalu memilih mahasiswa dengan rangking terbaik sesuai dengan kebutuhan (daya tampung). Si lain pihak, sistem rekrutmen untuk dosen mengikuti sistem yang dirancang oleh Kemendikbud. Fakultas dan jurusan dilibatkan untuk tes interview, tes substantif, dan praktek mengajar. Dalam hal ini FMIPA dan jurusan menjauhkan diri dari conflict of interest, misal akan memberikan skor tinggi pada alumni. Dengan demikian dosen baru yang diterima bisa alumni dari perguruan tinggi mana saja, asalkan memang mereka adalah yang terbaik.

Kurikulum yang merupakan rancangan kompetensi yang harus dikuasai mahasiswa disusun secara dinamis dengan memperhatikan dinamika sains dan kebutuhan stakeholders. Terkait penyusunan kurikulum, secara garis besar Fakultas berperan dalam memberikan fasilitas, mengkoordinir dan mengarahkanjurusan, serta merumuskan dan menetapkan substansi keperluan materi mata kuliah bidang MIPA bersama Jurusan. Dalam proses, FMIPA berusaha mengimplementasikan kurikulum dengan baik melalui penyediaan kebutuhan daya dukung implementasi kurikulum, baik berupa SDM, sarana, maupun dana. Guna meningkatkan daya saing lulusan, UNEJ merumuskan soft skills yang mencakup aspek kreativitas, kerjasama dan komunikasi, dan etika. Strategi FMIPA dalam pengembangan soft skills tersebut diintegrasikan melalui perkuliahan. Aspek soft skills yang dikembangkan pada setiap matakuliah disesuaikan dengan karakteristik matakuliah.