Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) Universitas Jember memiliki 4 Program Studi Sarjana dan 3 Program Studi Magister. Program Studi Sarjana Matematika, Fisika, Kimia dan Biologi. Program Studi Magister Matematika, Fisika dan Biologi. Pada semester gasal tahun akademik 2021/2022, FMIPA memiliki 1654 mahasiswa aktif yang tersebar disemua prodi baik sarjana maupun magister. Semua program studi terakreditasi B dari BAN-PT, sedangkan program studi sarjana fisika terakreditasi A. Akreditasi internasioal ASIIN juga tengah dipersiapkan, Dekan FMIPA telah mengajak semua prodi untuk berpacu mempersiapkan diri. Fasilitas pembelajaran untuk mahasiswa tiap program studi sangat memadai baik ruang kelas maupun laboratorium. Hal itu untuk mendukung kurikulum program studi yang juga menerapkan program pemerintah Merdeka Belajar Kampus Merdeka (MBKM). Mahasiswa diberikan kesempatan memilih Bentuk Kegiatan Pembelajaran (BKP) untuk memperluas ilmu yang didapat sekaligus mempercepat masa studinya. FMIPA menerapkan beberapa BKP MBKM dengan menuangkan dalam bentuk perjanjian kerjasama dengan beberapa PTN. lembaga juga swasta. Prestasi mahasiswa program studi di FMIPA telah menembus level nasional maupun internasional seperti meraih Medali Perak di iWareBatik International Hackathon Event 2021. Di sisi penelitian, semua program studi FMIPA tahun 2021 yang lalu telah menyelenggarakan seminar internasional. Agenda tersebut menjadi ajang bertukar informasi penelitian dosen di program studi dengan peneliti nasional maupun internasional. Untuk mewadahinya juga memiliki jurnal yang terakreditasi SINTA dan tentunya Kelompok Riset (KeRis) menjadi ujung tombak pelaksanaan penelitian yang tentunya menggandeng mahasiswa didalamnya.

Program studi sarjana dan magister matematika di Jurusan Matematika FMIPA terakreditasi B dari BAN-PT. Sarana pembelajaran, Jurusan Matematika memiliki ruang kuliah yang sangat memadai juga terdapat ruang kelas internasional. Tiga laboratorium komputer dengan spesifikasi mumpuni menjalakan aplikasi matematika maupun pengolahan data. Terbaru, matematika mempunyai meeting point, tempat mahasiswa bisa berdiskusi dengan nyaman yang terletak di lantai bawah dan roof top gedung baru matematika. Tersedia ruang baca, memudahkan mahasiswa untuk membaca buku-buku matematika dengan dilengkapi aplikasi Senayan untuk mempermudah dalam sirkulasi. Jurnal Majalah Ilmiah Matematika dan Statistika (MIMS) jurusan matematika meraih akreditasi SINTA diujung tahun 2021. Wadah dosen dan mahasiswa dalam menuangkan hasil penelitiannya. Lulusan matematika telah tersebar di berbagai bidang, di pemerintahan ada yang bekerja di BPS, guru maupun dosen di PTN maupun PTS. Juga bekerja di bidang perbankan, BUMN, swasta hingga menjadi wiraswasta yang sukses.

Program studi sarjana fisika meraih akreditasi A dari BAN-PT sedang magister fisika terakreditasi  B berada di Jurusan Fisika FMIPA UNEJ. Untuk menunjang pembelajaran, jurusan fisika mempunyai kelas yang memadai juga ruang auditorium berkapasitas besar. Laboratorium perkuliahan dan riset yang terletak di dua gedung dengan didukung grup riset para dosen yang juga melibatkan mahasiswa. Tiap laboratorium memiliki peralatan yang canggih untuk membantu proses riset yang dilakukan peneliti dosen maupun mahasiswa. Jurnal Computational And Experimental Research In Materials And Renewable Energy (CERiMRE) salah satu jurnal internasional dari Jurusan Fisika siap mewadahi hasil riset dosen dan mahasiswa. Lulusan mahasiswa tersebar di beberapa bidang, dari pemerintahan hingga wiraswasta.

Program studi sarjana kimia terakreditasi B dari BAN-PT berada di Jurusan Kimia FMIPA UNEJ. Memiliki ruang kelas untuk pembelajaran dan laboratorium untuk praktikum juga penelitian pengabdian dosen kimia. Bidang ilmu di prodi kimia yakni kimia fisik, kimia analitik, kimia anorganik, kimia organik dan biokimia makin pertajam kemampuan mahasiswa dalam perkuliahan. Seperti jurusan lain, prodi kimia segera menyusul mengelola jurnal dengan nama Indonesian Chimica Letters. Untuk kemajuan sains, pendidikan juga terapan kimia, Jurusan Kimia bergabung dengan Himpunan Kimia Indonesia. Salah satu dosen Jurusan Kimia menjadi ketua HKI provinsi Jawa Timur. Lulusan mahasiswa kimia sebagian besar bekerja di perusahaan di bidang kimia menjadi supervisor atau tenaga ahli lainnya. Selain juga berada di pemerintahan menjadi dosen atau guru, BUMN, dan juga berwiraswasta.

Program studi sarjana dan magister biologi di Jurusan Biologi FMIPA UNEJ terakreditasi B dari BAN-PT. Terdapat ruang kelas perkuliahan yang memadai dan enam laboratorium yang didukung kelompok riset dosen di dalamnya. Mahasiswa Jurusan Biologi beberapa tahun terakhir memiliki kesempatan untuk mengikuti pertukaran pelajar ke Jerman mau Korea Selatan. Jurusan Biologi juga memiliki Tempat Ujian Kompetensi (TUK) Pertanian untuk mewadahi mahasiswa dan dosen untuk meraih sertifikasi kompetensi dengan verikasi dari Lembaga Sertifikasi Profesi. Biologi tengah mengawali pengeloaan Jurnal Life Science and Biotechnology untuk mewadahi hasil riset dosen dan mahasiswa. Adapun lulusan mahasiswa biologi tersebar ke berbagai bidang, mulai dari perusahaan bidang biologi, pemerintahan, swasta hingga menjadi pengusaha atau wiraswasta.