Berdasarkan visi, misi dan tujuan yang ingin dicapai, Sasaran Strategis Fakultas MIPA Universitas Jember dirumuskan sebagai berikut:
1. tercapainya peringkat akreditasi program studi di lingkungan Fakultas MIPA Universitas Jember yang baik oleh lembaga akreditasi nasional (BAN PT);
2. dihasilkannya lulusan yang mendapatkan pengakuan baik ditingkat nasional maupun di kawasan Asia Tenggara dan Asia;
3. menguatnya budaya kualitas dalam penelitian dan publikasi ilmiah tingkat nasional serta internasional;
4. menguatnya budaya keramahan sosial dalam mendesiminasikan matematika, sain, dan terapannya untuk meningkatkan kesejahteraan masyarakat;
5. meningkatnya karya Tridharma bidang matematika, sain, dan terapannya yang mendukung pengembangan potensi dan kearifan lokal yang berguna bagi masyarakat.
6. meningkatnya kerjasama Fakultas MIPA Universitas Jember pada level internasional dalam pelaksanaan kegiatan Tridharma; dan
7. terwujudnya tata kelola organisasi Fakultas MIPA Universitas Jember yang transparan dan akuntabel.

Sasaran strategis di atas dapat diwujudkan melalui pelaksanaan program-program kerja yang penjabarannya mencakup bidang pendidikan; bidang penelitian dan pengabdian kepada masyarakat; bidang internasionalisasi dan bidang organisasi tata kelola.

Bidang Pendidikan Bidang Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat Bidang InternasionalisasiBidang Organisasi Tatakelola

(1) Pengembangan Kurikulum dan Pembelajaran berbasis Standar Nasional Pendidikan Tinggi;
(2) Penguatan dan pengayaan learning outcome berorientasi keunikan atribut lulusan;
(3) Optimalisasi penerapan proses pembelajaran yang berorientasi pada Student Centered Learning (SCL) dan IT Based Learning;
(4) Penguatan penyelenggaraan pembelajaran berbasis resource sharing di level nasional dan internasional (credit transfer, sandwich, joint degree dan double degree);
(5) Mengoptimalkan pengelolaan pembelajaran melalui penerapan manajemen mutu standar nasional dan internasional;
(6) Penguatan sumberdaya berorientasi pada kualitas dan daya saing;
(7) Perluasaan akses pendidikan bagi mahasiswa domestik, regional, dan internasional.

Sejalan dengan kegiatan internasionalisasi, akses pendidikan bagi mahasiswa asing juga akan dikembangkan. Dua sasaran yang akan dicapai yaitu upaya perluasan jejaring alumni dan publikasi internasional.

(1) Memperkuat kapasitas dan kapabilitas kelompok penelitian dan pengabdian;
(2) Memperkuat sumberdaya melalui penelitian dan pengabdian pembinaan, penguatan, dan unggulan melalui anggaran yang meningkat rasionya secara bertahap;
(3) Memprioritaskan pengabdian dan penelitian unggulan serta unik sebagaibranding, kontribusi institusi di level nasional dan internasional
(4) Memperkuat jejaring kerjasama Academics, Business, Community and Government (ABCG) dalam mewujudkan IPTEKS yang membumi;
(5) Memberdayakan jejaring kerjasama keahlian/kepakaran nasional dan internasional dalam membangun collaboration research dan community engagement;
(6) Mendorong dan memfasilitasi hasil penelitian serta pengabdian yang berpotensi untuk mendapatkan HaKI;
(7) Penguatan kapasitas dan kapabilitas layanan untuk dosen dan mahasiswa;
(8) Perluasan pembinaan/pendampingan dalam menyelesaikan permasalahan yang dihadapi masyarakat;
(9) Penguatan kerjasama dengan lembaga dan instansi masyarakat di wilayah sekitar Jember di bidang pertanian industrial;

(1) Perluasan akses mahasiswa asing kawasan Asia Tenggara dan Asia
(2) Penguatan dan perluasan kerjasama antar universitas di kawasan AsiaTenggara dan Asia dalam penyelenggaraan Tridharma.

(1) Pengembangan kapasitas,kapabilitas, dan karier berbasis meritokrasi dalam mewujudkan profesionalitas dosen dan tenaga kependidikan;
(2) Pengembangan dan optimalisasi sumber daya dan aset dalam mewujudkan lulusan cendekia, karya dan produk prima;
(3) Pengembangan green campus ramah lingkungan;
(4) Penguatan tatakelola berbasis manajemen mutu, budaya internalaudit melalui sistem informasi manajemen terpadu;
(5) Penguatan daya saing dan tanggung jawab sosial (social responsibility) institusi melalui jejaring alumni;
(6) Pengembangan kelembagaan dalam bentuk penambahan jumlah prodi baru.

Strategi pencapaian VMTS yang telah ditetapkan di atas dilakukan dengan menerapkan pendekatan siklus manajemen mutu P-D-C-A (Plan-Do-Check-Act). Artinya bahwa dalam bahasa pengendalian mutu, penggunaan pendekatan P-D-C-A ini setiap setiap strategi pencapaian VMTS dilakukan dengan tahapan yang runtut dan sistematis.

1. Plan (Menyusun Perencanaan)
Perencanaan dalam kegiatan akademik (pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat) dan kegiatan non akademik (pengembangan atau pengadaan) dilakukan dengan menggunakan pendekatan top down dan bottom up. Perencanaan ini dituangkan dalam bentuk Rencana Operasional (RENOP) Tahunan FMIPA Universitas Jember (terlampir). Dalam hal penencanaan kegiatan akademik dan anggaran pimpinan fakultas lebih menyediakan aturan sebagai acuan bagi jurusan atau program studi untuk membuat perencanaan. Kemudian jurusan atau program studi menyusun rencana misalnya kegiatan pembelajaran dan kegiatan pengembangan ke tingkat fakultas. Usaha ini dilakukan sebagai bentuk pengawalan atau pengendalian resiko yang mungkin muncul dalam proses perencanaan kegiatan pembelajaran dan pengembangan dalam upaya untuk mewujudkan atau mencapai VMST FMIPA UNEJ yang telah ditetapkan. Perencanaan ini pada dasarnya lebih ditujukan untuk menyelesaikan permasalahan yang dihadapi baik dalam bidang akademik maupun non akademik. Kegiatan perencanaan kegiatan akademik telah dikembangkan berdasarkan teknologi informasi yang ada yaitu dengan menggunakan system informasi terpadu atau SISTER yang secara on line beralamat di sister.unej.ac.id. Sistem ini juga telah dikembangkan dengan system android baik untuk dosen, mahasiswa maupun orang tua. Selain itu untuk perencanaan pengembangan telah juga dikembangkan system informasi anggaran secara on line di simangga.unej.ac.id.

2. Do (Kerjakan)
Pelaksanaan kegiatan harus didasarkan pada perencanaan yang telah ditetapkan sebelumnya. Pelaksanaan kegiatan akademik (pendidikan, penelitian, danpengabdian kepada masyarakat) dan non akademik (pengembangan) di lingkungan FMIPA UNEJ, dalam rangka untuk mencapai VMST didasarkan pada perencanaan yang telah dilakukan. Konsistensi pelaksanaan kegiatan sesuai denga perencanaan ini terjamin dengan terkaitnya kegiatan dengan anggaran (standar biaya UNEJ atau SBU yang setiap tahunnya dilakukan perbaikan). Jika terjadi ketidaksamaan antara perencanaan dengan pelaksanaan kegiatan akan mengakibatkan anggaran tidak dapat dicairkan untuk memenuhi sarana dan bahan pendukung dalam pelaksanaan kegiatan. Implementasi kegiatan berbasis perencanaan yang telah ditetapkan ini merupakan salah satu bentuk kebijakan pengendalian resiko yang dilakukan baik pada saat mengajukan usulan rencana kegiatan maupun pada pelaksanaan kegiatan dari awal hingga akhir.

3. Check (Evaluasi)
Dalam rangka untuk mencapai VMST FMIPA UNEJ, seluruh kegiatan yang diselenggarakan oleh FMIPA UNEJ dan jurusan atau program studi di lingkungan FMIPA UNEJ dievaluasi atau diaudit setiap tahunnya oleh Lembaga Pengembangan Pendidikan dan Penjaminan Mutu (LP3M) untuk kegiatan pembelajaran, Lembaga Penelitian dan Pengabdian (LP2M) untuk kegiatan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat, dan Satuan Pengawas Internal (SPI) untuk kegiatan pengembangan khususnya berkaitan dengan pengelolaan keuangan dan sumber daya lainnya (aset dan tenaga pendidik maupun kependidikan). Evaluasi mutu pelaksanaan pembelajaran dan pelaksanaan kegiatan pengembangan kelembagaan dilakukan oleh LP3M dan Gugus Penjaminan Mutu (GPM) dengan fokus compliances antara pelaksanaan kegiatan dengan rencana, serta kepatuhan terhadap prosedur (SOP) baik dalam bentuk prosedur kerja, instruksi kerja, maupun pedoman peyelenggaraan kegiatan. Audit pembelajaran ditujukan untuk melihat kesesuain substansi pembelajaran yang dikembangkan dalam pembelajaran dengan kurikulum, serta melihat aspek kedalaman dan keluasan. Monitoring dan evaluasi (monev) penelitian dan pengabdian dilakukan oleh LP2M. Proses evaluasi yang dilakukan oleh SPI terkait dengan taat azas dalam menggunakan dan memanfaatkan sumber daya yang ada melalui penelusuran kegiatan administrasi dan penggunaan keuangan yang telah dilakukan.

4. Act (Menindaklanjuti)
Strategi ini dilakukan dalam rangka untuk mengevaluasi secara total terhadap hasil sasaran dan proses atas pelaksanaan rencana dan evaluasi kegiatan, dan menindaklanjutinya dengan perbaikan-perbaikan. Jika ternyata apa yang telah kita kerjakan masih ada yang kurang atau belum sempurna, segera melakukan action untuk memperbaikinya. Proses Act ini sangat penting artinya sebelum kita melangkah lebih jauh ke proses perbaikan selanjutnya. Hasil dari proses Act ini akan digunakan sebagai bahan untuk menyusun perencanaan selanjutnya, sehingga VMST yang telah ditetapkan dapat tercapai sesuai dengan waktu yang telah ditetapkan.

5. Penyusunan LAKIP
Laporan Akuntabilitas Kinerja Instansi Pemerintah (LAKIP) disusun pada setiap akhir tahun pelaksanaan kegiatan sebagai laporan hasil pelaksanaan perencanaan yang telah dilakukan untuk mencapai VMST FMIPA UNEJ yang telah ditetapkan. Strategi ini penting dilakukan karena dengan LAKIP ini akan diperoleh gambaran ketercapaian dari indicator-indikator kinerja utama yang telah ditetapkan sebagai indikator dari ketercapaian VMST FMIPA UNEJ di setiap akhir tahunnya. LAKIP ini juga dapat memberikan gambaran ketercapaian dari kontrak kinerja antara Rektor dengan Dekan FMIPA UNEJ. Hal ini merupakan bentuk komitmen yang tinggi antara Rektor dan Dekan untuk bersinergi dalam mencapai VMST UNEJ dan VMST FMIPA UNEJ. LAKIP ini digunakan sebagai bahan untuk menyusun rencana kegiatan di tahun berikutnya dalam rangka untuk mencapai VMST FMIPA UNEJ yang telah ditetapkan.