Dalam mewujudkan setiap misi dan untuk mencapai tujuan yang telah ditetapkan, Renstra FMIPA UNEJ merumuskan sasaran strategis sebagai berikut:
1) Menghasilkan lulusan yang kompeten, berdaya saing global, dan mampu menyesuaikan diri dengan perkembangan matematika, sains, dan kebutuhan masyarakat;
2) Mengembangkan kemampuan talenta matematika sains yang adaptif dan kompetitif;
3) Menghasilkan karya bidang matematika dan sains yang unggul, inovatif, dan ecogreen;
berbasis kearifan lokal dalam menyelesaikan permasalahan lingkungan, ketahanan pangan, energi, dan kesehatan di tingkat nasional dan internasional;
4) Menghasilkan teknologi tepat guna berbasis kearifan lokal dalam rangka memberdayakan masyarakat dan membantu menyelesaikan permasalahan dalam masyarakat;
5) Mewujudkan sistem tata kelola fakultas yang akuntabel, efektif, dan efisien melalui penerapan manajemen zona integritas berbasis sistem informasi yang handal dan budaya kerja profesional;
6) Meningkatkan kerjasama lembaga dalam bidang matematika dan sains untuk pengelolaan sumber daya alam dan manusia untuk mendukung pertanian industrial berkelanjutan, melalui kolaborasi UNEJ dengan lembaga pemerintahan, DUDI, lembaga pendidikan dan riset tingkat nasional maupun internasional serta alumni.
Sasaran strategis tersebut sudah sesuai dengan tugas pokok yang mencerminkan peran tri dharma perguruan tinggi sebagai institusi Pendidikan Tinggi yang meliputi:
1) Pendidikan dan Pengajaran
Menyelenggarakan proses pembelajaran untuk menghasilkan lulusan yang memiliki kompetensi akademik dan/atau profesional sesuai dengan bidang ilmunya.
2) Penelitian dan Pengembangan
Melaksanakan kegiatan penelitian untuk mengembangkan ilmu pengetahuan, teknologi, dan seni (IPTEKS) yang relevan dan berkontribusi pada penyelesaian masalah lokal, nasional, maupun global.
3) Pengabdian kepada Masyarakat
Mengaplikasikan hasil pendidikan dan penelitian dalam bentuk kegiatan pengabdian yang bermanfaat bagi masyarakat luas.
Selain tiga tugas utama tersebut, fakultas juga memiliki peran penting dalam:
4) Pengelolaan Institusi
Menyelenggarakan tata kelola fakultas yang baik, akuntabel, dan transparan guna mendukung pelaksanaan tridarma.
5) Kerja Sama dan Kemitraan
Membangun jaringan dan kolaborasi dengan berbagai pihak baik di dalam maupun luar negeri untuk memperluas dampak dan kebermanfaatan kegiatan akademik.